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Für RNA-Seq und Pathway-Anreicherungsanalysen

Eine Enrichr-Tabelle.
Acht publikationsreife Grafiken.

Enrichr liefert die Statistik – und ein Balkendiagramm. MES.Plot macht aus derselben Tabelle Dot Plots, Enrichment Maps, Netzwerke, Heatmaps und mehr: in Journal-Qualität, auf Datenfehler geprüft und bis zur einzelnen Zeile nachvollziehbar.

  • Acht Auswertungen
  • Datenprüfung bei jedem Laden
  • PNG/TIFF 600 dpi, SVG
  • Farbenblind-tauglich

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Alle acht Auswertungen ansehen

Dot Plot

Der Klassiker: Signifikanz, Gene Ratio und Größe auf einen Blick.

So funktioniert es

  1. Aus Enrichr exportierenDas Ergebnis in Enrichr öffnen, bei einer Bibliothek – etwa Reactome_Pathways_2024 – in die Tabellenansicht wechseln und sie als Textdatei herunterladen.
  2. In MES.Plot ladenMES.Plot liest die Tabelle und prüft sie sofort: nicht lesbare Zeilen, widersprüchliche Overlaps, Excel-Datumsfehler in Gensymbolen und eine komplette Neuberechnung der Benjamini-Hochberg-Korrektur.
  3. Auswählen, anpassen, exportierenEine von acht Auswertungen und die gewünschten Terme wählen, Größe in Millimetern, Schrift und Farbskala festlegen – und als PNG oder TIFF mit 600 dpi oder als bearbeitbares SVG exportieren.

Gemacht für Journals

  • Exakte Größe. Breite und Höhe in Millimetern, Schrift und Schriftgröße in Punkt – passend für ein- oder zweispaltige Abbildungen.
  • Druckfertige Formate. PNG und TIFF mit 600 dpi ohne Alphakanal, SVG mit bearbeitbarem Text für Illustrator oder Inkscape.
  • Farbenblind-tauglich. Standardmäßig Viridis; eine Rot-Grün-Skala gibt es dort, wo sie erwartet wird.
  • Eine Bildsprache. Alle Auswertungen nutzen dieselbe Farbskala und dieselben Legenden – Teilabbildungen passen zusammen.
  • Eigene Reihenfolge. Sortieren nach Signifikanz, Gene Ratio, Genanzahl oder Score – oder Terme gezielt auswählen.

Vertrauen ist gut, Nachprüfen ist besser

Eine Abbildung in einem Paper muss stimmen. MES.Plot macht es leicht, das nachzuprüfen.

  • Datenprüfung bei jedem Laden – mit Zeilennummern, damit sich jedes Problem in der Datei wiederfinden lässt.
  • Werte per Mauszeiger hinter jedem Punkt, jeder Zelle, jedem Balken und jedem Band.
  • SVG-Dateien, die sich selbst erklären: Jede Datenmarke trägt ihre Werte als Tooltip.
  • Gegen bekannte Lösungen getestet: Automatische Tests prüfen jede Auswertung gegen von Hand berechnete Ergebnisse.

Wie MES.Plot die Daten prüft

Häufige Fragen

Rechnet MES.Plot die Anreicherungsanalyse selbst?

Nein. Die Statistik stammt aus Enrichr. MES.Plot visualisiert die exportierte Tabelle und prüft sie auf Konsistenz – kein P-Wert wird verändert.

Welche Enrichr-Bibliotheken werden unterstützt?

Jede Bibliothek, die als Tabelle exportiert wird (Reactome, GO, KEGG, WikiPathways, MSigDB u. a.). Nur die Treemap braucht die Reactome-Hierarchie, weil sie Terme nach den obersten Reactome-Kategorien gruppiert.

Kann ich die Grafiken nachträglich bearbeiten?

Ja. Im SVG-Export bleibt Text als Text erhalten – Beschriftungen lassen sich in Illustrator, Inkscape oder Affinity ändern, ohne den Plot neu zu zeichnen.

Was prüft MES.Plot nicht?

Alles, was vor dem Export passiert ist: die Wahl des Hintergrund-Gensets, die Cut-offs für differentielle Expression oder ob hoch- und herunterregulierte Gene getrennt hätten analysiert werden sollen. Das gehört in den Methodenteil.

Wie zitiere ich MES.Plot?

Unter Methoden & Zitieren stehen eine Zitierempfehlung, einen anpassbaren Methodenabsatz und die Originalliteratur zu jeder Auswertung.

Fragen, oder MES.Plot für ein ganzes Labor?

Für Fragen, Rückmeldungen aus dem Labor oder den Einsatz in einer Arbeitsgruppe oder einem Institut genügt eine kurze Anfrage – MES meldet sich.

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