Datenprüfung
Jede Datei wird beim Laden geprüft. Der Bericht nennt jeden Befund mit Zeilennummer – und zeigt auch, welche Prüfungen bestanden wurden.
| Prüfung | Warum das wichtig ist |
|---|---|
| Jede Zeile lesbar | Ein einziges Dezimalkomma aus Excel macht eine Zeile unlesbar. Ohne Warnung würde dieser Term stillschweigend in allen Grafiken fehlen. |
| Overlap = Anzahl Gene | Der Overlap k/n muss zu den aufgeführten Genen passen. Eine Abweichung deutet auf eine gekürzte oder bearbeitete Datei hin. |
| P-Werte im Bereich, adj. P ≥ P | Keine Korrektur macht einen P-Wert kleiner. Verstöße bedeuten vertauschte oder veränderte Spalten. |
| Benjamini-Hochberg nachgerechnet | MES.Plot berechnet die adjustierten P-Werte aus den rohen neu. Stimmen sie überein, ist die Datei vollständig und unverändert. |
| Excel-Datumsfehler | Excel verwandelt Gensymbole wie MARCH1 oder SEPT7 in Datumswerte (1-Mar, 7-Sep) – ein gut dokumentiertes Problem in veröffentlichten Zusatzdaten. |
| Doppelte Terme und Gene | Duplikate verfälschen Anzahlen, Gene Ratios und Überlappungen. |
| Spezies der Gensymbole | Maus-Schreibweise (Fos statt FOS) in einer humanen Bibliothek deutet auf die falsche Bibliothek hin. |
| Odds Ratios gültig | Terme ohne gültige Odds Ratio können im Volcano nicht erscheinen – Sie erfahren, welche. |
| Zahl signifikanter Terme | Zeigt, wie viele Terme Ihre Schwelle erreichen – damit Trends nicht als Befunde dargestellt werden. |
Jede Marke ist nachvollziehbar
Fahren Sie mit der Maus über einen Punkt, Knoten, eine Zelle, einen Balken, ein Band oder eine Kachel, um die Werte dahinter zu sehen: Term, Overlap, Gene Ratio, P, adj. P und die Zeile in Ihrer Datei. Exportierte SVG-Dateien enthalten dieselben Informationen – im Browser öffnen und mit der Maus darüberfahren.
Gegen bekannte Lösungen getestet
MES.Plot enthält automatische Tests. Eine kleine Datei mit erfundenen Termen, deren richtiges Ergebnis von Hand bekannt ist, prüft jede Auswertung – Positionen, Größen, Farben, Kanten, Zellen, Schnittmengen, Bänder und Gruppen. Eine zweite Datei mit absichtlich eingebauten Fehlern prüft, dass die Datenprüfung jeden davon in der richtigen Zeile findet. Die Benjamini-Hochberg-Berechnung wird mit Referenzwerten aus R (p.adjust) verglichen.
Was keine Software für Sie prüfen kann
MES.Plot prüft die Tabelle, nicht die Analyse, aus der sie stammt. Diese Punkte gehören in Ihre Methoden:
- Hintergrund-Genset. Enrichr vergleicht standardmäßig mit dem ganzen Genom, nicht mit den in Ihrem Gewebe exprimierten Genen. Das macht P-Werte tendenziell zu optimistisch.
- Eingabeliste. Die Cut-offs für adj. P und log2 Fold Change bestimmen, welche Gene in die Analyse eingehen.
- Richtung. Hoch- und herunterregulierte Gene gemeinsam analysiert können das Ergebnis verwischen; getrennte Analysen sind oft klarer.
- Signifikanz. Terme über Ihrer Schwelle sind Trends, keine Befunde – das gehört in die Legende.